成立于2017年3月18日，该研究院由宁波大学科学技术学院与慈溪市环杭州湾创新中心合作共建，旨在通过校地合作，深入分析研究新时期宁波湾区经济面临的挑战与对策，提供决策支撑、专家指导和信息服务，切实服务湾区经济发展。

国内知名区域经济研究专家中国社会科学院魏后凯教授给予高度评价，称此举在国内尚属首创，希望把研究院打造成“国际闻名国内领先”的开放型专业机构，为把杭州湾湾区建成我国陆海统筹先行区、使宁波成为长三角一体化和对外开放的桥头堡献智出力。

研究院贯彻落实创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念，围绕湾区经济发展问题、湾区社会和谐发展问题、湾区政策设计三方面进行深入研究，构建湾区学术交流平台、资源共享平台、研究教学平台三个平台，建立湾区经济发展战略研究中心、湾区社会发展问题研究中心和湾区公共政策研究中心三个中心，以更好地为地方政府决策、企业发展提供信息咨询服务。

湾区经济是区域经济的重要组成部分，研究湾区经济正当其时，湾区经济发展大有可为。创新是湾区经济的根本动力；开放是湾区经济的活力源泉；宜居是湾区经济的魅力所在；国际化是湾区经济的鲜明特征。国际一流湾区如纽约湾区、旧金山湾区、东京湾区等，已成为带动全球经济发展的重要增长极和引领技术变革的领头羊。

2017年12月19日，获批宁波市第四轮社会科学研究基地。2020年12月升级为宁波市人文社科重点研究基地。2021年8月，“湾区经济研究基地”入库浙江省软科学研究基地。